Стороны заключили соглашение в Токио 12 мая 2009 года во время визита премьер-министра Владимира Путина. В России ратификация соглашения была завершена в январе 2011 года.

Президент России Дмитрий Медведев подписал закон "О ратификации Соглашения между правительством Российской Федерации и правительством Японии о сотрудничестве в мирном использовании атомной энергии".

Целью соглашения о сотрудничестве в области мирного использования ядерной энергии является возможность организации и реализации крупномасштабных экономических проектов в ядерной области в рамках международных обязательств обеих стран, включая их обязательства в отношении Международного агентства по атомной энергии (МАГАТЭ).

Соглашение регулирует такие направления сотрудничества, как разведка и разработка урановых месторождений, проектирование, строительство и эксплуатация легководных реакторов, переработка и обращение с радиоактивными отходами, ядерная безопасность, включая радиационную защиту и контроль за состоянием окружающей среды, а также содержит положения о передаче ядерного материала, оборудования и технологий.

В соответствии с соглашением, сотрудничество государств строится на основе принципов равноправия и взаимной выгоды, его реализация не повлечет дополнительных расходов из федерального бюджета.

Соглашение отвечает интересам РФ и является основополагающим документом для развития широкомасштабного взаимовыгодного российско-японского сотрудничества в сфере атомной энергетики, реализация которого послужит дальнейшему укреплению стратегического партнерства между двумя странами.

Соглашение будет действовать 25 лет, после чего останется в силе до тех пор, пока не будет прекращено одной из сторон.